Détail
La plateforme

La Plateforme GenomEast, hébergée à l'IGBMC, est membre de l'Infrastructure Nationale de Recherche «France Génomique» visant à maintenir et renforcer l'expertise française en génomique et bioinformatique (https://www.france-genomique.org). Notre plateforme propose une large gamme de services pour étudier les génomes, leur expression et leur régulation, du contrôle qualité du matériel de départ jusqu'à l'analyse des données produites. Ces services sont destinés à l'ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée. En dehors de ces services standards, nous collaborons régulièrement avec des équipes de recherche pour mettre en place de nouvelles applications ou protocoles. Ces développements nous permettent d'améliorer nos services existants ou d'enrichir notre catalogue tout en nous maintenant à la pointe de la technologie. Enfin, les membres de la plateforme s'impliquent activement dans diverses formations initiales et continues, organisent régulièrement des ateliers de bio-informatique et encadrent des étudiants pour transmettre leurs compétences et connaissances.
Certifications et accréditations
Documents de la plateforme
Expertises
Expertise scientifique
- Transcriptomique
- Epigénétique
- Génomique
- Bioinformatique
- Régulation de la transcription
- Génétique des maladies rares
Expertise technique
- RNA-seq
- ChIP-seq
- Single cell RNA-seq
- Exome-seq
- DNA-seq
- Small RNA-seq
- MeDIP-seq
- ATAC-seq
- Analyses bioinformatiques
- Analyses statistiques
Ressources
Principaux équipements
- Séquenceur haut débit NextSeq 2000 - Illumina
- Chromium iX - 10X Genomics
- GeoMX Digital Spatial Profiler - NanoString
- Ultrasonicateur E220 AFA system - Covaris
- Infrastructure informatique : calcul : 304 cœurs, stockage : 750 To
- Visium CytAssist - 10X Genomics
Ressources logicielles / bases de données
- Système de gestion de l'information du laboratoire (http://ngs-lims.igbmc.fr/)
- Pipeline pour l’analyse primaire et le contrôle qualité des données de séquençage
- Pipelines pour l'analyse de données de RNA-seq, ChIP-seq, small RNA-seq et DNA-seq
- Logiciel pour l’interprétation et l’intégration de données de ChIP-seq (seqMINER)