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GenomEast

Plateforme GenomEast

Biologie cellulaire | Imagerie | Biologie moléculaire | Biochimie | Génomique | Biologie systémique | Développement | Biologie structurale

La plateforme

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Biologie cellulaire, Imagerie, Biologie moléculaire, Biochimie, Génomique, Biologie systémique, Développement, Biologie structurale Plateforme GenomEast

  • Directeur-trice scientifique Gilles LAVERNY
  • Directeur-trice technique Christelle THIBAULT CARPENTIER
  • UMR 7104 / UMR_S 1258 - IGBMC / Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire
  • CNRS, INSERM, UNIVERSITE DE STRASBOURG
  • Ilkirch-Graffenstaden
  • Monosite
  • Prestations de services
    • à la communauté académique
    • au monde socio-économique
  • Collaborations de recherche
    • avec la communauté académique
    • avec le monde socio-économique
  • Tutelles de rattachement
    • CNRS
    • INSERM
    • UNIVERSITE DE STRASBOURG
GenomEast

La Plateforme GenomEast, hébergée à l'IGBMC, est membre de l'Infrastructure Nationale de Recherche «France Génomique» visant à maintenir et renforcer l'expertise française en génomique et bioinformatique (https://www.france-genomique.org). Notre plateforme propose une large gamme de services pour étudier les génomes, leur expression et leur régulation, du contrôle qualité du matériel de départ jusqu'à l'analyse des données produites. Ces services sont destinés à l'ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée. En dehors de ces services standards, nous collaborons régulièrement avec des équipes de recherche pour mettre en place de nouvelles applications ou protocoles. Ces développements nous permettent d'améliorer nos services existants ou d'enrichir notre catalogue tout en nous maintenant à la pointe de la technologie. Enfin, les membres de la plateforme s'impliquent activement dans diverses formations initiales et continues, organisent régulièrement des ateliers de bio-informatique et encadrent des étudiants pour transmettre leurs compétences et connaissances.

Accéder au site web

Certifications et accréditations

Documents de la plateforme

Expertises

Expertise scientifique

  • Transcriptomique
  • Epigénétique
  • Génomique
  • Bioinformatique
  • Régulation de la transcription
  • Génétique des maladies rares

Expertise technique

  • RNA-seq
  • ChIP-seq
  • Single cell RNA-seq
  • Exome-seq
  • DNA-seq
  • Small RNA-seq
  • MeDIP-seq
  • ATAC-seq
  • Analyses bioinformatiques
  • Analyses statistiques

Ressources

Principaux équipements

  • Séquenceur haut débit NextSeq 2000 - Illumina
  • Chromium iX - 10X Genomics
  • GeoMX Digital Spatial Profiler - NanoString
  • Ultrasonicateur E220 AFA system - Covaris
  • Infrastructure informatique : calcul : 304 cœurs, stockage : 750 To
  • Visium CytAssist - 10X Genomics

Ressources logicielles / bases de données

  • Système de gestion de l'information du laboratoire (http://ngs-lims.igbmc.fr/)
  • Pipeline pour l’analyse primaire et le contrôle qualité des données de séquençage
  • Pipelines pour l'analyse de données de RNA-seq, ChIP-seq, small RNA-seq et DNA-seq
  • Logiciel pour l’interprétation et l’intégration de données de ChIP-seq (seqMINER)

Partenariats de la plateforme