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BIP

Plateforme de Bioinformatique

Agronomie | Biologie végétale | Ecologie | Environnement | Evolution | Biologie cellulaire | Imagerie | Biologie moléculaire | Biochimie | Génomique | Biologie systémique | Développement | Biologie structurale

La plateforme

Agronomie, Biologie végétale, Ecologie, Environnement, Evolution Plateforme de Bioinformatique

  • Directeur-trice de la plateforme Valérie COGNAT
  • Directeur-trice scientifique Philippe GIEGE
  • Directeur-trice technique Valérie COGNAT
  • UPR 2357 - IBMP / Institut de biologie moléculaire des plantes
  • CNRS
  • Campus centre : Esplanade
  • Monosite
  • Prestations de services
    • à la communauté académique
  • Collaborations de recherche
    • avec la communauté académique
  • Tutelles de rattachement
    • CNRS
BIP

La plateforme de bioinformatique conseille, propose et développe des services en bioinformatique à destination des équipes de recherches. Ses domaines couvrent plus particulièrement l’analyse de données de séquençage haut débit.
La plateforme dispose d’un cluster de calcul dédié à la bioinformatique ouvert en partenariat au GMGM et au LNCA.

Missions:
– Analyse de données biologiques
– Mise en place des ressources de calcul en bioinformatique
– Formation à destination de biologistes ou bioinformaticiens.

Accéder au site web

Expertises

Expertise scientifique

  • Bioinformatique
  • NGS (Illumina, nanopore)
  • Plant genome assembly
  • Metagenomics
  • Transcriptomics
  • Epigenetics

Expertise technique

  • Data analysis
  • Genome assembly
  • RNA-seq analysis
  • ChIP-seq analysis
  • Bs-seq analysis
  • SmallRNA-seq analysis
  • Metagenomics 16S

Ressources

Principaux équipements

  • Cluster de calcul
  • Stockage capacitif pour les données

Autres locaux

  • Salle serveur

Ressources logicielles / bases de données

  • Logiciels open source de bioinformatique (blast, bowtie, hisat, .....)
  • GitLab
  • JBrowse

Exemples de prestations de service

  • Mise à disposition de ressources de calcul
  • Mise à disposition d'espace de stockage
  • Mise à disposition de web services
  • Analyses de données NGS
  • Formations (analyse de données NGS, programmation)

Partenariats de la plateforme