BiGEst-ICube

Bioinformatique et Génomique Est - ICube
Domaine Agronomie, Biologie végétale, Ecologie, Environnement, Evolution, Biologie cellulaire, Imagerie, Biologie moléculaire, Biochimie, Génomique, Biologie systémique, Développement, Biologie structurale

La plateforme

  • Directeur-trice scientifique
    Luc MOULINIER
  • Directeur-trice technique
    Arnaud KRESS
  • UMR 7357 - ICUBE / Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie
  • CNRS, UNIVERSITE DE STRASBOURG
  • Hôpital civil
  • Monosite
  • Prestations de services
    • à la communauté académique
    • au monde socio-économique
  • Collaborations de recherche
    • avec la communauté académique
    • au monde socio-économique

Missions

La plateforme BiGEst-ICube (Bioinformatique et Génomique Est - ICube) du laboratoire ICube (UMR 7357) représente un point d'entrée unique pour les services liés à la bioinformatique dans divers domaines d'application: évolutives, fonctionnelles, biomédicales… allant des métazoaires jusqu'aux levures et bactéries. Elle met à disposition de ses utilisateurs des expertises scientifiques et techniques, ainsi qu’un ensemble de services, logiciels, bases de données et matériels. Grâce à des équipements de pointe, elle offre un accès privilégié à des solutions de calcul et de stockage des données.

Expertises

Expertise scientifique

  • Analyse de données omic (transcriptomique, lipidomique, interactomique, métabolomique, etc.)
  • Analyse des relations séquence-structure-fonction-évolution des séquences
  • Génomique comparative
  • Etude de maladies génétiques rares

Expertise technique

  • Conception de stratégies pour le calcul intensif
  • Apprentissage automatique
  • Optimisation par algorithmes évolutionnaires

Ressources

Principaux équipements

  • Serveurs de traitement et de stockage

Ressources logicielles / bases de données

  • OrthoInspector, logiciel et base de prédiction d'orthologues
  • GxDb, système de traitement, analyse et visualisation de données transcriptomiques
  • PipeAlign, suite logicielle de création d'alignement multiple de séquences
  • EASEA (EAsy Specification of Evolutionary Algorithms), logiciel de création d'algorithmes évolutionnaires massivement parallèles
  • Ordali (Ordered Alignment Information explorer), outil de visualisation et d'exploitation d'alignements multiples de séquences annotés

Exemples de prestations de service

  • Analyse bioinformatique dans un environnement opérationnel
  • Caractérisation de qualité des données en vue d’analyse automatisée.
  • Développement de méthodes d'optimisation

Projets collaboratifs récents

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Création d’un entrepôt de données Maladies Rares de l’œil (FREDD): RaReTiA est un pilote en intelligence artificielle pour les rétinopathies pigmentaires.

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Le projet ANR franco-allemand GEODE (Genome Evolution of Decapods) vise à effectuer une étude des génomes de décapodes, et plus particulièrement de l'écrevisse noble Astacus astacus. Le but est la protection de cette espèce autochtone...

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Ce projet ANR consiste en des analyses multiniveaux des voies de signalisation de l'acide rétinoïque pour comprendre et traiter une forme rare de déficience motrice progressive.

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Résolution des variants de signification incertaine (VUS) chez les patients atteints de dystrophies rétiniennes liées aux cils primaires en concevant des outils de comparaison des données phénotypiques et transcriptomiques obtenues à...

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Ce projet CRNS 80PRIME vise à créer une IA explicable pour la classification intégrée et la prédiction des myopathies congénitales.

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Le projet GRAIL (Génomique compaRAtIve muLti-niveaux) vise à développer une ressource de génomique comparative dédiée à l’exploration de l’évolution des gènes et des protéines à différents niveaux de granularité (présence/absence du gène,...

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Optimisation de systèmes de réfrigération magnétique utilisant des alliages magnétocaloriques à l'aide d'algorithmes évolutionnaires.

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