PFPSGE_ProFI_Strasbourg

Plateforme Protéomique Strasbourg Grand Est - ProFI Strasbourg
Domaine Chimie, Biologie cellulaire, Imagerie, Biologie moléculaire, Biochimie, Génomique, Biologie systémique, Développement, Biologie structurale

La plateforme

  • Directeur-trice de la plateforme
    Sarah CIANFERANI
  • Directeur-trice scientifique
    Sarah CIANFERANI
  • Directeur-trice technique
    Christine SCHAEFFER-REISS
  • UMR 7178 - IPHC / Institut pluridisciplinaire Hubert Curien
  • CNRS, UNIVERSITE DE STRASBOURG
  • Cronenbourg Schiltigheim
  • Monosite
  • Prestations de services
    • à la communauté académique
    • au monde socio-économique
  • Collaborations de recherche
    • avec la communauté académique
    • au monde socio-économique

Certifications et accréditations

ISO9001:2015
NFX 50-900:2016

Documents de la plateforme

Missions

La plateforme protéomique Strasbourg Grand Est (PSGE), site ProFI-Strasbourg (FR2048 CNRS CEA), propose des collaborations et des prestations de service en protéomique fonctionnelle et structurale. Elle s’appuie sur une équipe hautement expérimentée de chercheurs et d’ingénieurs du Laboratoire de spectrométrie de masse bio-organique (LSMBO) de l’Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC, CNRS Unistra UMR7178).
ProFI-Strasbourg mène des activités de recherche et développement en chromatographie, spectrométrie de masse et bioinformatique pour la biologie. Il développe des méthodologies innovantes en protéomique fonctionnelle pour l’identification et la quantification de milliers de protéines, et en protéomique structurale pour la caractérisation fine des complexes multiprotéiques fonctionnels. Le LSMBO travaille en particulier sur de nouvelles approches quantitatives globales (DIA) et ciblées (PRM), sur l’intégration des multi-omiques (protéogénomique), la spectrométrie structurale et le développement d’outils bioinformatique adaptés à la protéomique.

Expertises

Expertise scientifique

  • Spectrométrie de masse
  • Protéomique
  • Bioinformatique pour la protéomique
  • MS native
  • HDX-MS
  • Pontage chimique (crosslink)
  • Mobilité ionique
  • Protéomique quantitative ciblée
  • Protéomique quantitative large échelle
  • Caractérisation de protéines (PTMs)
  • Photométrie de masse
  • Biomarqueurs
  • Complexes non-covalents
  • Protéogénomique
  • Protéine thérapeutique

Expertise technique

  • Spectrométrie de masse
  • Chromatographie liquide
  • Protéomique
  • Mobilité ionique
  • Traitement de données
  • Caractérisation structurale
  • Bioinformatique
  • Gels électrophorèse 1D et 2D
  • Photométrie de masse

Ressources

Principaux équipements

  • Orbitrap Q-Exactive Plus + nanoLC
  • Orbitrap Q Exactive HF-X + nanoLC
  • Q-TOF timsTOFPro + nanoLC
  • Q-TOF Synapt HDMS G2 + Acquity H-Class bio ou NanoMate Advion
  • Orbitrap Exactive Plus EMR + NanoMate Advion
  • LCT ESI-TOF upgradé hautes masses + NanoMate Advion
  • Q-TOF Maxis 4G avec ETD + NanoMate Advion ou Acquity H-Class bio
  • Q-TOF Synapt G2si HDMS avec ETD + HDX manager
  • MALDI-TOF Autoflex
  • Orbitrap Tribrid Eclipse avec ETD/UVPD + LC et nanoLC
  • Automate préparation d'échantillon Bravo AssayMAP (Agilent)
  • Mass Photometry Refeyn
  • LC-ESI-TOF Bioaccord (Waters)

Ressources logicielles / bases de données

  • Proline (www.profiproteomics.fr/proline)
  • MaxQuant
  • Spectronaut
  • Skyline
  • CIUSuite2
  • Ionbot

Autres types de ressources

  • Cahier d'Echantillon Informatique Interne (LIMS interne)

Exemples de prestations de service

  • Préparation d’échantillons pour analyse protéomique (gel 1D, digestion liquide, enrichissement PTMs...)
  • Identification et quantification globale de protéines (label free nanoLC-MS/MS)
  • Quantification ciblée de protéines par LC-PRM
  • Identification et quantification de modifications post-traductionnelles
  • Analyse bioinformatique des données (banques protéiques, séquençage de novo),
  • Identification de partenaires de complexes multiprotéiques (interactomique)
  • Caractérisation de protéines recombinantes purifiées ou à usage thérapeutique (par ex. anticorps monoclonaux)
  • Analyse structurale de complexes non covalents par MS native et mobilité ionique (complexes multi-protéines, multi-protéines/ADN ou ARN, et protéines/ligand),
  • HDX-MS
  • Pontage chimique (cross-linking) de complexes multiprotéiques
  • Mass photometry

Partenaires récents

Projets collaboratifs récents

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