PPSMI

Plateforme de Protéomique et Spectrométrie de Masse IGBMC
Domaine Biologie cellulaire, Imagerie, Biologie moléculaire, Biochimie, Génomique, Biologie systémique, Développement, Biologie structurale

La plateforme

  • Directeur-trice de la plateforme
    Frédéric DARDEL
  • Directeur-trice scientifique
    Laszlo TORA
  • Directeur-trice technique
    Luc NEGRONI
  • UMR 7104 / UMR_S 1258 - IGBMC / Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire
  • CNRS, INSERM, UNIVERSITE DE STRASBOURG
  • Ilkirch-Graffenstaden
  • Monosite
  • Prestations de services
    • à la communauté académique
  • Collaborations de recherche
    • avec la communauté académique
    • au monde socio-économique

Documents de la plateforme

Missions

La Plateforme Protéomique de l’IGBMC est ouverte à l'ensemble de la communauté scientifique pour des prestations de service, des prestations de recherche et des collaborations. Dotée de deux spectromètres de masses et de l'informatique associé, elle réalise des analyses protéomiques; identification et quantification de protéines dans des mélanges simples ou complexes (protéine purifiée, IP, extrait cellulaire, tissus, etc), caractérisation de modifications Post-traductionnelles, déterminations de masse entière, analyse de complexes protéiques.

Expertises

Expertise scientifique

  • Protéomique quantitative
  • Spectrométrie de masse
  • Fragmentations ETD
  • Modifications Post-traductionnelles
  • Ubiquitinilation
  • Phosphorylation
  • Acetylation
  • N-glycosylation
  • Ponts disulfures
  • Crosslinks
  • Masses exactes

Expertise technique

  • Protéomique quantitative
  • Spectrométrie de masse
  • Fragmentations ETD
  • Modifications Post-traductionnelles
  • Ubiquitinilation
  • Phosphorylation
  • Acetylation
  • N-glycosylation
  • Ponts disulfures
  • Crosslinks
  • Masses exactes

Ressources

Principaux équipements

  • NanoLC - Orbitrap Elite (Thermo Scientific)
  • MicroLC - QTOF Xevo XS (Waters)
  • HPLC semi préparative (Thermo Scientific)
  • NanoLC - FAIMS - Exploris 480 (Thermo Scientific)
  • Synthétiseur de peptides ABI 433A (Applied Biosystem)
  • HPLC preparative (Waters)

Autres locaux

  • Laboratoire de préparation (Hottes - Thermomixers - incubateurs - SpeedVaacs)
  • Laboratoire Mass Spec. (Hottes - spectrometres de masses - paillasses)
  • Laboratoire HPLC (HPLC + collecteur de fractions)

Ressources logicielles / bases de données

  • Proteome Discoverer (Thermo Scientific)
  • MaxQuant + Perseus (Jürgen Cox Lab, Max Planck Institute of Biochemistry)
  • Skyline (MAcCoss Lab, University of Washington)

Autres types de ressources

  • Serveurs de calcul et stockage (2)
  • NAS 16 To

Exemples de prestations de service

  • Digestion liquide
  • Digestion en gel
  • NanoLC- MS/MS (analyse protéomique bottom-up)
  • MicroLC-MS ( proteine & petite molécules)
  • Analyse statistique et bio-informatique