AEG

Plateforme d'analyse de l'expression génique
Domaine Agronomie, Biologie végétale, Ecologie, Environnement, Evolution

La plateforme

  • Directeur-trice de la plateforme
    Abdelmalek ALIOUA
  • Directeur-trice scientifique
    Laurence DROUARD
  • Directeur-trice technique
    Abdelmalek ALIOUA
  • UPR 2357 - IBMP / Institut de biologie moléculaire des plantes
  • CNRS
  • Campus centre : Esplanade
  • Monosite
  • Prestations de services
    • à la communauté académique
    • au monde socio-économique
  • Collaborations de recherche
    • avec la communauté académique
    • au monde socio-économique

Missions

La plateforme d’analyse d’expression génique (AEG) a pour objectif d’offrir, aux équipes de recherche publiques et privées, des outils et compétences pour la réalisation de leurs projets de recherche portant sur la génomique, la transcriptomique et l’épigénétique.
La plateforme dispose d’instruments pour la réalisation des projets de séquençage (Oxford Nanopore, NGS-Illumina et Sanger), de génotypage à haut débit par HRM , d’analyse d’expression génique par qPCR et de PCR digitale ( ddPCR).

Expertises

Expertise scientifique

  • Analyses génétiques
  • Séquençage ADN/ARN
  • Génotypage
  • Analyses de génomes/exomes /transcriptomes
  • Analyses transcriptionnelles différentielles

Expertise technique

  • Séquençage Long read Oxford Nanopore , Séquençage NGS Illumina
  • Criblage CRISPR/cas
  • Whole Genom Seq
  • RNAseq
  • Small RNAseq
  • Séquencage ciblé
  • Métagénomique 16S
  • PCR quantitative en temps réelle
  • PCR digitale/numérique.

Ressources

Principaux équipements

  • PromethION P2 - Séquenceur longues lectures à haut débit - Oxford Nanopore
  • MinION - Séquenceur longues lectures - Oxford Nanopore
  • Miseq - Séquenceur NGS - Illumina
  • Naica System - PCR digitale/numérique - Stilla
  • LC480 - RT-PCR quantitative en temps réel à haut débit - Roche
  • Bioanalyser 2100 - QC acides nucléiques - Agilent
  • Qubit 3.0 -QC acides nucléiques - Thermofischer

Exemples de prestations de service

  • Séquençage NGS Oxford Nanopore
  • Séquençage NGS Illumina
  • PCR quantitative en temps réel
  • PCR digitale
  • Génotypage HRM
  • Séquençage/Validation de clones complets