CoRTecS

Graphics, Artificial Intelligence and data Analysis

The core facility

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Information and Communication Sciences and Technologies Graphics, Artificial Intelligence and data Analysis

  • Scientifical Manager David CAZIER
  • Technical Manager Vincent NOBLET
  • UMR 7357 - ICUBE / Laboratory of Engineering, Computer Science and Imagery
  • CNRS, UNIVERSITY OF STRASBOURG
  • Ilkirch-Graffenstaden
  • Established in a multiple site
  • Service delivery
    • to the academic community
    • to the socio-economic world
  • Collaborations of research
    • with the academic community
    • to the socio-economic world
  • Affiliated institution of administrative supervision
    • CNRS
    • UNIVERSITY OF STRASBOURG
GAIA

GAIA brings together the expertise of ICube engineers in the fields of computer science, scientific computing, and artificial intelligence. This core facility offers a complete range of services on various aspects of data science (digitization, data management, processing and analysis, modeling and simulation, visualization and interactions) in support of research and/or technology transfer projects in conjunction with academic, institutional, or corporate partners.

Access website

Expertises

Scientific expertise

  • Data science
  • Artificial intelligence
  • Virtual reality
  • Computer graphics
  • Modeling and simulation

Technical expertise

  • 3D scanning
  • Data management
  • Data analysis and processing (signal, image)
  • Modeling and simulation
  • Visualization and interactions
  • Software development
  • Computing and storage infrastructure

Resources

Main equipments

  • Immersive virtual reality devices (200 cm dual-screen workbench, 400 cm immersive wall, force-feedback system, infrared tracking system)
  • 3D acquisition and digitization devices (LiDAR, structured light scanner, digital cameras)
  • Virtual reality interface devices (headsets, data combination, eye tracker, sensors, ... )

Software resources / Data bases

  • ExRealis : for the reconstruction of 3D meshes from raw data (point cloud and digital photos)
  • CGoGN : library for multidimensional geometric and topological modeling (surface, volume, mesh)
  • ASTex : library for texture analysis and synthesis
  • SOFA : real-time physics simulation framework (https://www.sofa-framework.org/)
  • EASEA : software platform for massively parallel evolutionary algorithms (easea.unistra.fr)
  • FoDoMuST: data mining software for temporal data, from multiple sources, using multiple strategies (https://sdc.icube.unistra.fr/en/index.php/FODOMUST)

Examples of service delivery

  • 3D digitization of objects or buildings
  • Data collection, management and FAIRification
  • Processing and analysis of Data (digital, signals, images,...)
  • Design of models and algorithms for specific geometry, animation or simulation applications
  • Development of customized virtual reality methods and tools

Recent collaborative projects

Core facility partners

  • Analyse moléculaire & chimique
    • Séquençage & génomique
      • Séquenceurs NGS (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore...)
      • Séquenceurs Sanger
      • Robot de préparation de librairies
    • Transcriptomique & protéomique
      • RT-qPCR
      • Digital PCR
      • Plateforme Nanostring
      • Spectrométrie de masse (LC-MS/MS, MALDI-TOF...)
    • Chimie analytique
      • Chromatographie (HPLC, UHPLC, GC)
      • Couplages LC-MS, GC-MS
      • Résonance magnétique nucléaire (RMN)
      • Spectroscopie (UV-Vis, IR, Raman, fluorescence)
  • Biologie cellulaire & culture
    • Culture cellulaire
      • Salles stériles L2 / L3
      • Hottes à flux laminaire
      • Incubateurs CO₂
      • Bioréacteurs / Cell culture spinner
      • Systèmes microfluidiques
    • Cytométrie & tri cellulaire
      • Cytomètres en flux
      • Tri cellulaire FACS
      • Cytométrie de masse (CyTOF)
      • Analyse single-cell (Chromium 10x, etc.)
    • Outils de manipulation génétique
      • Électroporateurs / transfection
      • Systèmes CRISPR/Cas9 automatisés
      • Robots pipeteurs
  • Imagerie & microscopie
    • Microscopie optique
      • Microscope confocal
      • Microscope à fluorescence
      • Microscope à feuille de lumière (light-sheet)
      • Microscope multiphotonique
      • Microscope super-résolution (STED, PALM, STORM...)
    • Microscopie électronique & corrélative
      • Microscope électronique à transmission (TEM)
      • Microscope électronique à balayage (SEM)
      • Cryo-microscopie électronique (Cryo-EM)
      • Tomographie électronique
      • Microscopie corrélative lumière/électron(CLEM)
      • Zeiss Supra 40 + elphy+
    • Imagerie in vivo & préclinique
      • Imagerie par résonance magnétique (IRM) préclinique
      • Imagerie TEP/TDM (PET/CT, SPECT)
      • Imagerie bioluminescence / fluorescence in vivo
      • Échographie haute résolution
  • Informatique, calcul & plateformes numériques
    • Clusters de calcul haute performance (HPC)
    • Stockage sécurisé de données (LIMS, cloud scientifique)
    • Stations de traitement d’images et d’IA
    • Logiciels de bio-informatique & data science
  • Instrumentation biomédicale & physiologie
    • Systèmes d’électrophysiologie (patch-clamp, MEA)
    • EEG/ECG/EMG précliniques
    • Systèmes de métabolisme cellulaire (Seahorse)
    • Spectrométrie de flux métabolique
  • Logistique & équipements généraux de plateformes
    • Salles froides, chambres climatiques
    • Congélateurs -80°C, azote liquide
    • Robots de logistique d’échantillons
    • Automates de lavage de plaques
    • Balance de précision, pH-mètres, spectrophotomètres de base
  • Matériaux, physique & ingénierie
    • Microscopie à force atomique (AFM)
      • Dimension Edge 150
    • Diffraction des rayons X (XRD)
    • Diffusion des rayons X aux petits angles (SAXS)
    • Lithographie et nanofabrication
      • Litho laser Heidelberg µPG101
      • Gravure Ionique Réactive Plasmalab80plus
    • Imprimantes 3D (bio-impression, polymères, métaux)
    • Spectroscopie de photoélectrons induits par rayons X
    • spectroscopie de photoélectrons induits par rayons X
    • PHI GENESIS
    • Spectroscopie de photoélectrons induits par rayons X
    • ThermoVGMultilabESCA3000
    • VSW5000
    • ThermoVGMicrotech
    • PHI GENESIS: c'est un système UHV de dernière génération qui intègre une architecture entièrement automatisée pour l’acquisition, l’alignement et la calibration, tout en offrant des capacités de micro-analyse et de cartographie avancées.
    • VSW5000 : système XPS (sources X double Mg/Al et Al monochromatique) et des analyses de surface avancées (UPS He I/He II, abrasion ionique Ar⁺, LEIS, des mesures angulaires jusqu’à 80° et des mesures quasi in-situ).
    • Thermo VG Multilab ESCA3000 : est un système XPS équipé d’une source X double Mg/Al, dédié à l’analyse de grandes séries d’échantillons (jusqu’à 6 échantillons simultanément).
    • Thermo VG Microtech : système XPS/UPS permettant des analyses de surface sur une large gamme de températures (−170 à 1200 °C). Spectromètre de masse et système de dosage de gaz pour la TDS. Source de dépôt de métaux.
  • Préparation & manipulation d’échantillons
    • Cryostats, microtomes
    • Automates de coloration / immunohistochimie
    • Robots de préparation d’ADN/ARN
    • Lyophilisateurs, homogénéisateurs
    • Centrifugeuses (ultracentrifuge, microcentrifuge)
  • Zootechnie, phénotypage & comportement animal
    • Hébergement & élevage
      • Animaleries rongeurs
      • Animaleries poisson-zèbre
      • Animaleries moustiques
      • Animaleries faune sauvage
    • Phénotypage & comportement
      • Cages métaboliques
      • Tapis roulants, rotarod, open-field
      • Systèmes de suivi vidéo (tracking comportemental)
      • Tests nociceptifs
      • Tests anxio-dépressifs
      • Tests cognitifs
      • Modèles de douleurs aigues et chroniques
      • Modèles de troubles anxiodépressifs
      • Modèles de troubles neurodéveloppementaux
      • Tests moteurs
      • Tests des comportements sociaux
      • Chirurgie Stéréotaxique
      • Administrations de molécules par différentes voies
      • Stimulation Optogénétique in vivo et photmétrie de Fibre
    • Imagerie animale spécifique
      • Micro-IRM
      • Micro-CT
      • Échographie rongeur