PIMS

Plant Imaging & Mass Spectrometry

Agronomie | Biologie végétale | Ecologie | Environnement | Evolution

The core facility

Plant Imaging & Mass Spectrometry

Head Manager of the core facility Dimitri HEINTZ
Scientifical Manager Dimitri HEINTZ
Technical Manager DIMITRI HEINTZ

UPR 2357 - IBMP / Institut de biologie moléculaire des plantes
CNRS

Website of the core facility

Campus centre : Esplanade
Monosite

Service delivery
- to the academic community
- to the socio-economic world

Collaborations of research
- with the academic community
- to the socio-economic world

Affiliated institution of administrative supervision

CNRS

L’activité de la plateforme PIMS est focalisée sur la métabolomique, soit l’analyse de petites molécules bioactives (<1000 Da) telles que les lipides, sucres, acides aminés, acides nucléiques mais aussi les xénobiotiques tels que les médicaments, pesticides et autres polluants industriels. Ces analyses sont réalisées dans des échantillons biologiques (plantes, animaux, homme, bactéries, eau, sol) pour les équipes de l’IBMP, mais aussi d’autres instituts, laboratoires ou partenaires en France, en Europe et à l’internationale. La plateforme réalise l’analyse ciblée de molécules d’intérêt, même en faibles quantités, et l’analyse non ciblée pour une étude exploratoire du métabolisme. La plateforme maîtrise l’imagerie par spectrométrie de masse qui permet de localiser des métabolites sur des tissus intacts de manière spatiale et temporelle, par une approche ciblée ou non ciblée.

Access website

Certifications and accreditations

Core facility documents

Expertises

Scientific expertise

Métabolomique ciblée et non ciblée
Lipidomique ciblée et non ciblée
Métabolomique environnementale ciblée et non ciblée
MALDI imaging
Chromatographie liquide
Chromatographie gazeuse
Préparation d'échantillons
Histologie
Traitement de données
Statistiques
Formation
Enseignement
Communication et vulgarisation scientifiques : presse écrite, radio, présentations orales en congrès et séminaires, vidéos techniques ou de vulgarisation, articles scientifiques

Technical expertise

Développement de méthodes de chromatographie et de spectrométrie de masse
Analyse du métabolisme de plantes, animaux, hommes, microbes...
Analyse des lipides (lipidomique) de plantes, animaux, hommes, microbes...
Analyse des micropolluants (pesticides, médicaments, plastiques...)
Coupes histologiques
Dosage (quantification) de métabolites
Analyse ciblée de métabolites
Analyse de petites molécules dans les sols
Traitement des données Dosage de métabolites
Analyse non ciblée de métabolites
Analyse de petites molécules dans les sols
Traitement de données

Resources

Main equipments

Chromatographie liquide et spectromètre de masse LC-UV-MS/MS TQ Waters Quattro premier
Chromatographie liquide et spectromètre de masse LC-UV-MS/MS TQ Bruker EvoQ
Chromatographie gazeuse et spectromètre de masse GC-MS/MS-TQ Bruker SCION
Chromatographie liquide et spectromètre de masse LC-MS/MS Q-TOF Bruker Impact II
Chromatographie liquide et spectromètre de masse HPLC DAD electrospray simple quadripôle avec fraction collector (Waters)
Spectromètre de masse ESI-MALDI-FT-ICR Bruker SolariX
Robot de dépôt de matrice HTX M5 Sprayer
Robot de dépôt de matrice Bruker Image Prep
Analyse de surface par extraction liquide LESA ADVION
Cryomicrotome de laboratoire Thermo
Système de concentration sous vide Thermo Speed vac (1)
Système de concentration sous vide Thermo Speed vac (2)

Ministerial autorisations to experiment

Agrément d'utilisation en milieu confiné d'organismes génétiquement modifiés

Other kinds of rooms

Salle de serveurs informatiques
Local d'histologie

Software resources / Data bases

MS Workstation, MS DataReview, XCMS, MetaboAnalyst, NIST, Wiley, Maurer Pfleger, GOLM, Bases de données internes, MassLynx, QuanLynx, Hystar, Chromeleon, MSData Review, Data Analysis, MetaboAnalyst, Otof Control, DataAnalysis, MetaboScape, MetabolitePredict, Library Editor, MetFrag, IsotopePattern, ChemRICH, Cytoscape, MetExplore, PubChem, Identifier Exchange Service, MsConvert (Proteowizard), Kegg, METLIN, HMDB, FoodDB, LipidMaps, SwissLipids, KNApSAcK, PlantCyc, Natural products atlas (NPA), ECMDB, YMDB, PhenolExplorer, Norman, FTMSControl, FlexImaging, SCiLS, Metaspace, MSworkStation, MSdatareview