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PFPSGE_ProFI_Strasbourg

Plateforme Protéomique Strasbourg Grand Est - ProFI Strasbourg

Chimie | Biologie cellulaire | Imagerie | Biologie moléculaire | Biochimie | Génomique | Biologie systémique | Développement | Biologie structurale

La plateforme

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Chimie Plateforme Protéomique Strasbourg Grand Est - ProFI Strasbourg

  • Directeur-trice de la plateforme Sarah CIANFERANI
  • Directeur-trice scientifique Christine CARAPITO
  • Directeur-trice technique Christine SCHAEFFER-REISS
  • UMR 7178 - IPHC / Institut pluridisciplinaire Hubert Curien
  • UNIVERSITE DE STRASBOURG
  • Cronenbourg Schiltigheim
  • Monosite
  • Prestations de services
    • à la communauté académique
    • au monde socio-économique
  • Collaborations de recherche
    • avec la communauté académique
    • avec le monde socio-économique
  • Tutelles de rattachement
    • UNIVERSITE DE STRASBOURG
PFPSGE_ProFI_Strasbourg

La plateforme protéomique Strasbourg Grand Est (PSGE), site ProFI-Strasbourg (UAR2048 CNRS), propose des collaborations et des prestations de service en protéomique fonctionnelle et structurale. Elle s’appuie sur une équipe hautement expérimentée de chercheurs et d’ingénieurs du Laboratoire de spectrométrie de masse bio-organique (LSMBO) de l’Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC, CNRS Unistra UMR7178).
ProFI-Strasbourg mène des activités de recherche et développement en chromatographie, spectrométrie de masse et bioinformatique pour la biologie. Il développe des méthodologies innovantes en protéomique fonctionnelle pour l’identification et la quantification de milliers de protéines, et en protéomique structurale pour la caractérisation fine des complexes multiprotéiques fonctionnels. Le LSMBO travaille en particulier sur de nouvelles approches quantitatives globales (DIA) et ciblées (PRM), sur l’intégration des multi-omiques (protéogénomique), l'immunopeptidomique, la protéomique de la cellule unique, la spectrométrie structurale (MS native, cross-linking MS et HDX-MS) et le développement d’outils bioinformatique adaptés à la protéomique. La PF est également équipée en photométrie de masse.

Accéder au site web

Certifications et accréditations

Expertises

Expertise scientifique

  • Spectrométrie de masse
  • Protéomique
  • Bioinformatique pour la protéomique
  • Immunopeptidomique
  • Protéomique de la cellule unique
  • MS native
  • HDX-MS
  • Pontage chimique (cross-link)
  • Mobilité ionique
  • Protéomique quantitative ciblée
  • Protéomique quantitative large échelle
  • Caractérisation de protéines (PTMs)
  • Photométrie de masse
  • Biomarqueurs
  • Complexes non-covalents
  • Protéogénomique
  • Protéine thérapeutique

Expertise technique

  • Spectrométrie de masse
  • Chromatographie liquide
  • Protéomique quantitative
  • Immunopeptidomique
  • Proteomique de la cellule unique
  • Interactomique
  • Mobilité ionique
  • MS native, cross-linking-MS
  • HDX-MS
  • Traitement de données
  • Caractérisation structurale
  • Bioinformatique
  • Photométrie de masse

Ressources

Principaux équipements

  • Orbitrap Q-Exactive Plus + nanoLC
  • Orbitrap Q Exactive HF-X + nanoLC
  • Q-TOF timsTOFPro + nanoLC
  • Q-TOF Synapt HDMS G2 + Acquity H-Class bio ou NanoMate Advion
  • Orbitrap Exactive Plus EMR + NanoMate Advion
  • Q-TOF Maxis II avec ETD + NanoMate Advion ou Acquity H-Class bio
  • Q-TOF Synapt G2si HDMS avec ETD + HDX manager
  • MALDI-TOF Autoflex
  • Orbitrap Tribrid Eclipse avec ETD/UVPD + LC et nanoLC
  • Automate préparation d'échantillon Bravo AssayMAP (Agilent)
  • Mass Photometry Refeyn
  • LC-ESI-TOF Bioaccord (Waters)
  • TimsTOF Ultra et trieur de cellules CellenOne - protéomique de la cellule unique

Locaux spécifiques

  • Salle propre/blanche

Ressources logicielles / bases de données

  • Proline (www.profiproteomics.fr/proline)
  • MaxQuant
  • Spectronaut
  • Skyline
  • CIUSuite2
  • Ionbot
  • DIA NN

Autres types de ressources

  • Cahier d'Echantillon Informatique Interne (LIMS interne)

Exemples de prestations de service

  • Préparation d’échantillons pour analyse protéomique (gel 1D, digestion liquide, enrichissement PTMs...)
  • Identification et quantification globale de protéines (label free nanoLC-MS/MS)
  • Quantification ciblée de protéines par LC-PRM
  • Identification et quantification de modifications post-traductionnelles
  • Analyse bioinformatique des données (banques protéiques, séquençage de novo),
  • Identification de partenaires de complexes multiprotéiques (interactomique)
  • Caractérisation de protéines recombinantes purifiées ou à usage thérapeutique (par ex. anticorps monoclonaux)
  • Analyse structurale de complexes non covalents par MS native et mobilité ionique (complexes multi-protéines, multi-protéines/ADN ou ARN, et protéines/ligand),
  • HDX-MS
  • Pontage chimique (cross-linking) de complexes multiprotéiques
  • Mass photometry

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