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AEG

Plateforme d'analyse de l'expression génique

Agronomie | Biologie végétale | Ecologie | Environnement | Evolution

La plateforme

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Agronomie, Biologie végétale, Ecologie, Environnement, Evolution Plateforme d'analyse de l'expression génique

  • Directeur-trice de la plateforme Abdelmalek ALIOUA
  • Directeur-trice scientifique Philippe GIÉGÉ
  • Directeur-trice technique Abdelmalek ALIOUA
  • UPR 2357 - IBMP / Institut de biologie moléculaire des plantes
  • CNRS
  • Campus centre : Esplanade
  • Monosite
  • Prestations de services
    • à la communauté académique
    • au monde socio-économique
  • Collaborations de recherche
    • avec la communauté académique
    • avec le monde socio-économique
  • Tutelles de rattachement
    • CNRS
AEG

La plateforme AEG est spécialisée dans le séquençage des acides nucléiques et l’analyse de l’expression des gènes. Stratégiquement, elle constitue un pôle d’expertise en séquençage « lectures longues » avec la technologie Oxford Nanopore.
Les objectifs de la plateforme sont de mettre à disposition des équipes de recherche publiques et privées des outils et des compétences pour mener à bien leurs projets en génomique, transcriptomique et épigénétique. Elle dispose d’instruments de pointe pour le séquençage NGS (Oxford Nanopore et Illumina), le génotypage Crispr-Cas9 à haut débit (HRM) et l’analyse de l’expression génique (qPCR et ddPCR).
La plateforme AEG est définie selon une charte. Elle propose des prestations de services pour la prise en charge d’analyses selon une grille tarifaire, et des collaborations de recherche pour la mise en place de projets avec développement de méthodes spécifiques.

Accéder au site web

Expertises

Expertise scientifique

  • Analyses génétiques
  • Séquençage ADN/ARN
  • Génotypage
  • Analyses de génomes/exomes /transcriptomes
  • Analyses transcriptionnelles différentielles

Expertise technique

  • Séquençage NGS Longues lectures Oxford Nanopore , Séquençage NGS Illumina
  • Édition génomique et épigénétique
  • Détection des variations structurales Séquençage du transcriptome
  • Séquençage du MicroRNome
  • Ribosome profilling
  • Séquençage de microbiome
  • Criblage CRISPR/cas
  • PCR quantitative en temps réel
  • PCR digitale/numérique.

Ressources

Principaux équipements

  • PromethION P2 - Séquenceur longues lectures à haut débit - Oxford Nanopore
  • MinION - Séquenceur longues lectures - Oxford Nanopore
  • Miseq - Séquenceur NGS - Illumina
  • Naica System - PCR digitale/numérique - Stilla
  • LC480 - RT-PCR quantitative en temps réel à haut débit - Roche
  • Bioanalyser 2100 - QC acides nucléiques - Agilent
  • Qubit 3.0 -QC acides nucléiques - Thermofischer

Partenariats de la plateforme